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* 通讯作者:Jinbo Xu, jinboxu@moleculemind.com 参考文献 [1] Joseph L Watson, David Juergens, Nathaniel R Bennett, Brian L Trippe, Jason Yim, Helen E Eisenach, Woody Ahern, Andrew J Borst, Robert J Ragotte, Lukas F Milles, et al. De novo design of protein structure and function with rfdiffusion. Nature, 620 (7976):1089–1100, 2023. [2] Martin Pacesa, Lennart Nickel, Christian Schellhaas, Joseph Schmidt, Ekaterina Pyatova, Lucas Kissling, Patrick Barendse, Jagrity Choudhury, Srajan Kapoor, Ana Alcaraz-Serna, et al. One-shot design of functional protein binders with bindcraft. Nature, 646 (8084):483–492, 2025. [3] Vinicius Zambaldi, David La, Alexander E Chu, Harshnira Patani, Amy E Danson, Tristan OC Kwan, Thomas Frerix, Rosalia G Schneider, David Saxton, Ashok Thillaisundaram, et al. De novo design of high-affinity protein binders with alphaproteo. arXiv preprint arXiv:2409.08022, 2024. [4] Chai Discovery Team, Jacques Boitreaud, Jack Dent, Danny Geisz, Matthew McPartlon, Joshua Meier, Zhuoran Qiao, Alex Rogozhnikov, Nathan Rollins, Paul Wollenhaupt, et al. Zero-shot antibody design in a 24-well plate. bioRxiv, pages 2025–07, 2025. [5] Luis S Mille-Fragoso, John N Wang, Claudia L Driscoll, Haoyu Dai, Talal Widatalla, Xiaowei Zhang, Brian L Hie, and Xiaojing J Gao. Efficient generation of epitope-targeted de novo antibodies with germinal. bioRxiv, 2025. [6] Hannes Stark, Felix Faltings, Min Gyu Choi, Yuxin Xie, Eunsu Hur, Timothy O’Donnell, Anton Bushuiev, Talip Uçar, Saro Passaro, Weian Mao, et al. Boltzgen: Toward universal binder design. bioRxiv, pages 2025–11, 2025. [7] BioGeometry Team and Jian Tang. Rapid de novo antibody design with geoflow-v3. bioRxiv, pages 2025–10, 2025. [8] Sheng Xu, Qiantai Feng, Lifeng Qiao, Hao Wu, Tao Shen, Yu Cheng, Shuangjia Zheng, and Siqi Sun. Foldbench: An all-atom benchmark for biomolecular structure prediction. bioRxiv, pages 2025–05, 2025. [9] Josh Abramson, Jonas Adler, Jack Dunger, Richard Evans, Tim Green, Alexander Pritzel, Olaf Ronneberger, Lindsay Willmore, Andrew J Ballard, Joshua Bambrick, et al. Accurate structure prediction of biomolecular interactions with alphafold 3. Nature, 630 (8016):493–500, 2024. [10] Helen M Berman, John Westbrook, Zukang Feng, Gary Gilliland, Talapady N Bhat, Helge Weissig, Ilya N Shindyalov, and Philip E Bourne. The protein data bank. Nucleic Acids Research, 28 (1):235–242, 2000. [11] Claudio Mirabello and Björn Wallner. Dockq v2: improved automatic quality measure for protein multimers, nucleic acids, and small molecules. Bioinformatics, 40 (10):btae586, 2024. [12] Saro Passaro, Gabriele Corso, Jeremy Wohlwend, Mateo Reveiz, S. Thaler, Vignesh Ram Somnath, Noah Getz, Tally Portnoi, J. Roy, Hannes Stark, D. Kwabi-Addo, Dominique Beaini, Tommi Jaakkola, and Regina Barzilay. Boltz-2: Towards accurate and efficient binding affinity prediction. bioRxiv, pages 2025–06, 2025. [13] ByteDance Seed. Protenix-v2: Broadening the reach of structure prediction and biomolecular design. 2025. [14] ByteDance AML AI4Science Team, Xinshi Chen, Yuxuan Zhang, Chan Lu, Wenzhi Ma, Jiaqi Guan, Chengyue Gong, et al. Protenix—advancing structure prediction through a comprehensive alphafold 3 reproduction. bioRxiv, pages 2025–01, 2025. [15] Salvatore Candido et al. Language modeling materializes a world model of protein biology, 2026. URL https://github.com/biohub/esm. Biohub preprint. [16] Ivan Anishchenko, Samuel J Pellock, Tamuka M Chidyausiku, Theresa A Ramelot, Sergey Ovchinnikov, Jingzhou Hao, Khushboo Bafna, Christoffer Norn, Alex Kang, Asim K Bera, et al. De novo protein design by deep network hallucination. Nature, 600 (7889):547–552, 2021. 附录 A 设计 VHH 序列针对已知抗体数据库的 CDR 相似性分析 为评估设计序列相对于已知抗体序列的新颖性,我们对 338 个 VHH 序列进行了 CDR 相似性分析,涵盖 11 个靶标系统,并额外检查了每个系统中亲和力最高的 VHH 候选物。

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当线交叉到 15~20 次时,许多不变量开始失效——要么无法区分许多结,要么计算变得太难。
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S₆₀的元素数量大约相当于可观测宇宙中的原子数量。
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另据《纽约时报》援引3名匿名美军官员的说法报道,作出上述修改,是因为日前在约旦身亡的3名美军和在伊拉克北部身亡的1名美军,其死亡时间均在美国总统特朗普4月宣布美伊临时停火之后,故此不再计入对伊战事的美军阵亡名单。
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为评估针对更广泛的自然观察抗体库空间的序列新颖性,使用 jackhmmer(HMMER 3.3,1 次迭代,E<10⁻⁴,每个查询最多 9,999 个命中)将所有 338 个设计 VHH 序列额外针对观察抗体空间(OAS)重链数据库进行搜索。
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工作人员测算,若错过本次补缴窗口期,翁女士要延后11年才能领取养老金。
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滴滴平台账号也在评论区留言称,“非常感谢您在司机师傅身体不适时伸出援手”,并表示希望能与诗敏联系,表达感谢,“同时也尽快找到这位身体不舒服的司机,关心他的身体情况,提供帮助”。我要发布>>
闪电新闻记者 何则伟 报道齐鲁网·闪电新闻7月24日讯今年上半年,山东锚定“走在前、挑大梁”,全省经济运行稳健向好、进中提质、承压前行,顺利实现“双过半”。我要发布>>
叫声不断地改换位置,显然猫也在草丛中不断地移动。我要发布>>
再次,真正有价值的反馈往往要等实验跑起来之后才会出现,而且问题来源常常是混杂的:可能是理解偏差,也可能是代码实现、数据处理、超参选择,甚至是基础设施配置。我要发布>>
现有的提示优化和自我修正技术面对这种微妙的错误模式往往束手无策。我要发布>>
花园里、操场上、沙滩上,随处可见踢球的身影。我要发布>>
模型在已报道的「激活」配对上表现优异,绝大多数排名位于前 2% 以内,涵盖大环麝香(MCM)及其他化学家族,显示出良好的跨家族泛化能力。我要发布>>
APEC数字周把重量级国际客商带到了成都,也把成都人工智能企业带入了更具想象力的国际商业视野。我要发布>>
新民晚报(xmwb1929)综合咪咕体育、直播吧、五星体育、环球网、新华社等 编辑:尹尚胜男 编审:龚莲首届48队规模的世界杯落下帷幕。我要发布>>